Santos

Neymar es va unir al Santos el 2003 i eventualment va fer el seu debut al primer equip sis anys més tard als 17 anys d'edat el 7 de març de 2009 durant una victòria de 2-1 contra l'Oest. Va fer una altra aparició a la setmana següent contra el Mogi Mirim, partit en què va anotar el seu primer gol amb el Sants. L'11 d'abril, a les semifinals del Campionat Paulista de 2009 contra Palmeiras d'anada, Neymar va anotar el gol decisiu en la victòria per 2-1 al Estádio Vila Belmiro.Sin això, en la final el Sants va patir una derrota global per 4 -2 contra el Corinthians
El 15 d'abril de 2010, Neymar va anotar sis gols per al Sants a una aclaparadora victòria per 8-1 contra el Guarani en els vuitens de final de la Copa del Brasil. Després del Campionat Paulista de 2010 en què Neymar va anotar 14 gols en 19 partits, el club es va coronar campió després d'una victòria global de 5-5 contra el Sant André a la final. Neymar posteriorment va rebre el premi pel millor jugador de la competició.
L'actuació de Neymar pel Santos ha estat comparada amb la d'altres brasilers, com Robinho i Pelé.En juny de 2010, Santos va rebutjar una oferta de £ 12 milions per ell l'equip de la Premier League anglesa West Ham United. Neymar va dir que no creia que era el moment de sortir del Santos i que estava completament centrat en el seu club actual, però, Renato Rodrigues va insistir que ell no volia quedar-se a Brasil.
El 30 de novembre de 2010, Santos va vendre el 5 per cent de les seves accions a un grup d'inversió, Terceira Estrela Investimentos SA (TEISA), per R $ 3.549.900 (1,5 milions d'euros). El grup DIS (filial del grup Sonda, una cadena de supermercats de Brasil), soci d'inversió del Sants en els últims anys, li va comprar el 40 % dels drets esportius a família de Neymar el 2009.
Neymar va anotar sis gols durant la participació del Santos en la Copa Libertadores de 2011, col · locant com el tercer màxim golejador, incloent el gol decisiu durant la victòria del Santos per un global de 4-3 contra el Turó Porteño a les semifinals. A la final de dos partits, Santos va enfrontar al uruguaià Peñarol i el partit d'anada va acabar en un 0-0 a Montevideo. A casa, en el partit de tornada, Neymar va obrir el marcador al minut 46 i el Santos va finalitzar el partit amb una victòria per 2-1.La victòria li va donar al Sants seu primer triomf a la Copa Libertadores des de 1963, quan la llegenda brasilera Peli jugava per al club